Features of the Movement of the Nonlinear Solitary Conformational Waves in Plasmid PTTQ18 | Статья в журнале «Биоэкономика и экобиополитика»

Авторы: , ,

Рубрика: Тезисы

Опубликовано в Биоэкономика и экобиополитика №1 (1) декабрь 2015 г.

Дата публикации: 30.01.2016

Статья просмотрена: < 10 раз

Библиографическое описание:

Рясик А. А., Гриневич А. А., Якушевич Л. В. Features of the Movement of the Nonlinear Solitary Conformational Waves in Plasmid PTTQ18 // Биоэкономика и экобиополитика. — 2015. — №1. — URL https://moluch.ru/th/7/archive/20/697/ (дата обращения: 16.10.2018).



 

Local distortions of the DNA structure that are known as DNA bubbles are modeled by nonlinear solitary conformational waves moving along the polynucleotide chains. The waves are modeled with the help of the sine-Gordon equation modified by adding two terms which more accurately take into account heterogeneous nature of the DNA sequence. The model equation is solved numerically. Topological soliton solutions having the form of kinks are found and the trajectories of the kinks in the plane (z, t) are calculated.

The approach is applied to study the features of the bubbles movement in the sequence of plasmid pTTQ18. For the purpose, we calculate approximately the energetic profile of the sequence, which consists of wells and barriers, and analyze the results in terms of the bubble movement in the potential field defined by the energy profile. We found that 1) the bubbles can overcome or be reflected from the energy barriers, 2) the ability to overcome the barriers depends on the initial velocity of the bubble.

The results on the energy profile are in good correlation with the properties of the main functional regions of the sequence (promoters, terminators and coding regions). Indeed, the promoter region which is known as the most preferable region for bubble activation has the minimal energy barrier according to our calculations. In opposite, the terminator region having the maximal energy barrier, is known as the region, where the bubble movement stops  with large probability.

In general, the obtained results show that there is the dependence of the bubble trajectories on the arrangement of the main functional regions. This can be interpreted as an evidence of the existence of the relation between DNA dynamics and functioning.

Основные термины (генерируются автоматически): DNA.

Похожие статьи

Универсальные RAPD-праймеры для оценки ДНК-полиморфизма...

Keywords: ladybird beetles, DNA polymorphism, RAPD primers, PCR. Сравнительный генетический анализ различных видов кокцинеллид проводился ранее с использованием...

Создание информационной технологии для поддержки принятия...

Keywords: DNA microarray, markers, genes, mutations. ДНК-микрочип (англ. DNA microarray) — это сложная технология, используемая в молекулярной биологии и медицине.

Зубчатые образования толстой кишки: особенности морфологии...

...однако им присуща специфическая мутация — гиперметилирование гена «починки» ДНК MGMT (O6-methylguanine-DNA methyltransferase, метилгуанин-ДНК метилтрансферазы).

Сравнительный анализ влияния варикоцеле на параметры...

— 2013. — 2. — том ХХ. — с. 12–15. Decreased sperm DNA fragmentation after surgical

— 2014. — 2. — с. 77–80. Low rates of DNA fragmentation in selected motile human spermatozoa assessed...

Молекулярно-генетический анализ полиморфизма...

В настоящей работе охарактеризованы разработанные и апробированные молекулярно-генетические методы анализа полиморфизма микросателлитного локуса FC2054 у собак.

Основные методы определения ГМО в продукции

Codex Alimentarius. Guideline for the conduct of food safety assessment of foods derived from recombinant-DNA plants. CAC/GL 45, 1–18 (2003). Miraglia, M. et al.

Использование микросателлитных ДНК-маркеров для создания...

RAPD, нет, DNA, PCR, вид, нуклеотидная последовательность, оценка ДНК-полиморфизма, сравнительный анализ...

Спортивная генетика: обзор российского рынка и новых технологий

The idea of definition on DNA of predisposition of the person to these or those sports even more often draws attention of scientists and researchers of the whole world.

Исследование нового системного биохимического показателя...

Ogasawara E., Nakada K., Hayashi J. Lactic acidemia in the pathogenesis of mice carrying mitochondrial DNA with a deletion // Hum.

Использование молекулярных маркеров в селекции ореха грецкого

Keywords: Persian walnut, DNA-markers, genetic polymorphism. Введение. Орех грецкий — широко распространенная культура, имеющая большое хозяйственное значение.

Обсуждение

Социальные комментарии Cackle

Похожие статьи

Универсальные RAPD-праймеры для оценки ДНК-полиморфизма...

Keywords: ladybird beetles, DNA polymorphism, RAPD primers, PCR. Сравнительный генетический анализ различных видов кокцинеллид проводился ранее с использованием...

Создание информационной технологии для поддержки принятия...

Keywords: DNA microarray, markers, genes, mutations. ДНК-микрочип (англ. DNA microarray) — это сложная технология, используемая в молекулярной биологии и медицине.

Зубчатые образования толстой кишки: особенности морфологии...

...однако им присуща специфическая мутация — гиперметилирование гена «починки» ДНК MGMT (O6-methylguanine-DNA methyltransferase, метилгуанин-ДНК метилтрансферазы).

Сравнительный анализ влияния варикоцеле на параметры...

— 2013. — 2. — том ХХ. — с. 12–15. Decreased sperm DNA fragmentation after surgical

— 2014. — 2. — с. 77–80. Low rates of DNA fragmentation in selected motile human spermatozoa assessed...

Молекулярно-генетический анализ полиморфизма...

В настоящей работе охарактеризованы разработанные и апробированные молекулярно-генетические методы анализа полиморфизма микросателлитного локуса FC2054 у собак.

Основные методы определения ГМО в продукции

Codex Alimentarius. Guideline for the conduct of food safety assessment of foods derived from recombinant-DNA plants. CAC/GL 45, 1–18 (2003). Miraglia, M. et al.

Использование микросателлитных ДНК-маркеров для создания...

RAPD, нет, DNA, PCR, вид, нуклеотидная последовательность, оценка ДНК-полиморфизма, сравнительный анализ...

Спортивная генетика: обзор российского рынка и новых технологий

The idea of definition on DNA of predisposition of the person to these or those sports even more often draws attention of scientists and researchers of the whole world.

Исследование нового системного биохимического показателя...

Ogasawara E., Nakada K., Hayashi J. Lactic acidemia in the pathogenesis of mice carrying mitochondrial DNA with a deletion // Hum.

Использование молекулярных маркеров в селекции ореха грецкого

Keywords: Persian walnut, DNA-markers, genetic polymorphism. Введение. Орех грецкий — широко распространенная культура, имеющая большое хозяйственное значение.

Посетите сайты наших проектов

Задать вопрос